El “Juan Carlos I” se lleva casi la mitad del montante total de la factura de 195 millones de euros que acaba de abonar el Ministerio de Defensa al grupo público Navantia. Tal como se informó recientemente, esta inyección de fondos ha supuesto un alivio importante para las dificultades de liquidez que se presentaban ya a la compañía. Al cierre de 2012 el Ministerio de Pedro Morenés mantenía una deuda de 4.454 millones de euros con Navantia.
Los 195 millones pagados ahora corresponden al “Juan Carlos I” (93.290.187, 31 euros), la fragata F-105 “Cristóbal Colón” (69.859.117,42 euros), el Buque de Aprovisionamiento en Combate “Cantabria” (28.275.030,96), el programa de las F-100 (2.769.950,49 euros) y el Buque de Acción Marítima (1.000.025 euros). Dichos pagos fueron aprobados por el Consejo de Ministros en el pasado mes de julio y se han realizado con cargo a un crédito extraordinario de más de 877 millones de euros con el que el Ministerio de Defensa atiende una parte de sus obligaciones con los programas especiales de armamento. La partida económica para buques militares, íntegramente destinada a Navantia y correspondiente a los cinco programas indicados, supone un 22,24% del total.  
El Ministerio de Defensa tiene plazos muy dilatados para pagar a Navantia, siempre en calendarios que comienzan tras la entrega del buque, y la compañía financia su actividad a través de créditos concedidos por Industria. Tal como se indica en el último informe al respecto del Tribunal de Cuentas, habitualmente se cuenta con dichos créditos con calendarios de pagos y con condiciones similares a las que debería efectuar Defensa, si bien el órgano fiscalizador echa de menos, en la contabilidad de Navantia, información sobre las ventas anuales y las operaciones relacionadas con ambos ministerios, así como del nominal de las deudas y los créditos que mantiene con ambos.